Alle Lernenden können, wenn sie möchten, an den von der Schule angebotenen Arbeitsgemeinschaften teilnehmen. In jedem Schuljahr bietet das Mariengymnasium zahlreiche AGs an, die umfassende Förderangebote im sportlichen, im sprachlich-literarisch-künstlerischen, im musisch-kreativen, im naturwissenschaftlich-technischen und im sozialen Bereich beinhalten. Diese Förderangebote werden mit Hilfe von Lehrkräften, Lernenden sowie Eltern realisiert, die über die entsprechende Qualifikation für eine AG-Leitung verfügen. Außerdem gibt es außerschulische Kooperationspartnerschaften.
