Bei der Wahl der Kurse in der Oberstufe werden die naturwissenschaftlichen Fächer Mathematik, Biologie, Chemie und Physik als Grundkurs (GK) oder als Leistungskurs (LK) zur Wahl gestellt.
Als Besonderheit am Mariengymnasium kann das Fach Biologie in der Oberstufe auch als bilingualer Grundkurs angeboten und somit auch im Abitur als 3. oder 4. Abiturfach gewählt werden.
Im Unterschied zu vielen anderen Schulen kann das Mariengymnasium das Fach Ernährungslehre ebenfalls als Grundkurs in der Oberstufe anbieten und es kann im Abitur als 3. oder 4. Abiturfach gewählt werden.
Das Fach Informatik wird in der Oberstufe als Grundkurs (GK) zur Wahl gestellt.
Das Wahlverhalten der Lernenden bestimmt letztendlich, welche dieser Fächer als GK oder/und als LK im jeweiligen Jahrgang zustande kommen. Durch die Kooperation mit dem St.-Georg-Gymnasium kann im Allgemeinen eine große Vielfalt an Kursen angeboten werden.
Die Fachinhalte der jeweiligen Fächer ergeben sich aus den Vorgaben der Lehrpläne und können auf den Seiten der Fachschaften eingesehen werden.